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５．ステージごとに、敵の配置を選択できる
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６．任務評価画面から、×を押すことでタイトル画面まで戻れる
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７．《鍛錬せよ》の老中関谷のデモが、はじめの方に移動
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８．ステージ十《闇の城へ》が《闇の城》へ変化
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９．ライフゲージが変化、残り体力が２５を切ると点滅する
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１０．気配の(気)に数値メーターがつき、敵との距離がわかりやすくなっている
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１１．気配に新しく青色の殺≠ｪ追加、警戒状態になり、高低差に関係なく見つかりやすくなる
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１２．手裏剣の音や水に飛び込んだ時の音、他の敵の死体などに反応し、(殺)になる
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１３．一度敵に見つかると、(気)に戻るまで時間がかかる。
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１４．敵の頭を踏むと(殺)になる、逆に踏まれると一定時間操作不能に
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１５．敵によっては(殺)状態の時に仲間を呼ぶため、一箇所に敵が集まってくることがある
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１６．敵にみつかると、敵の顔がこちらを向く
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１７．(視)になった時、表示の大きさが最大になり、確認しやすい
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１８．敵を水に落とすと、溺れるときに斬殺時のように叫ぶ
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１９．敵を(気)の状態でかつ必殺技なしで必殺を取った時、斬殺時のように叫ばない
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２０．倒した敵の下に血が溜まっている
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２１．モーション付きの必殺をすると、近くにいる敵がこちらを向く
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２２．視点切り替え中、主人公の顔の向きも動く
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２３．前方ステップ時は、いつでも大ジャンプが可能
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２４．主人公のモーションの一つ、“１８０゜ふりかえり”が新しく追加
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２５．彩女の振り返り斬りが変化、素早くなり、２ヒット可能でふきとばしの効果も追加
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２６．振り返り斬り、１８０゜ふりかえり、月面宙返り時の画面転換が速い
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２７．任務地図が強化、現在位置と五色米を置いた位置も表示される
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２８．地図を見ながら走ることが可能(一部の行動に制限あり)
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２９．手裏剣を構えた時や投げた時、敵が横ステップで避けようとする
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３０．通常忍具『煙玉』が、近距離しか届かない
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３１．通常忍具だった『眠り薬』が特殊忍具（忍術皆伝をとらないともらえない忍具）に
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３２．特殊忍具に新しく『忍び鎧』が追加
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３３．特殊忍具使用時のモーションが変化
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３４．特殊忍具『神足の術』使用中、左右に方向転換可能
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３５．特殊忍具『忍法火炎撃』使用中、左右に方向転換可能、使用方向も変更可能
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３６．特殊忍具『九字護身符』使用時、実際に九字が浮かび上がる
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３７．特殊忍具『変わり身の術』の体力回復量が、半分ではなく全快になる
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３８．特殊忍具『変化の術』で変化するキャラが固定
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３９．曲がり角付近なら、壁に張り付きながら撒きびし、煙玉、癇癪玉、痺れ団子が使える
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４０．ポーズをかけると、音楽や効果音が消える(音楽は流れたまま)
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４１．ポーズをかけたとき右上に「天誅」と表示されず、中央に「PAUSE」と表示される
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４２．敵の物理攻撃は、ボスにはヒットしない
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４３．越後屋や海賊の銃攻撃が、隣接していてもあたる
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４４．佐々木半兵衛の声が変化
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４５．ステージ一《悪徳商人を成敗せよ》で佐々木半兵衛との戦闘前のデモで越後屋が逃げだし、
佐々木半兵衛を倒した時に越後屋が倉の中に逃げ込んでいるという演出が追加
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４６．怨の登場位置が変化、持っている武器や技も変化
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４７．バルマーの容姿が変化、かつ船の上でしか存在できないため、溺れない
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４８．鬼陰登場時と鬼陰バトル時の音楽が新しく追加
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４９．各ボスのセリフが増える
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５０．主人公選択画面が変化、選択時掛け声ではなく刀の音になる
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５１．オープニングデモが変化
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５２．エンディングのアニメ画が変化
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５３．１人の敵につき、必殺をとれるのは２回まで
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５４．裏技が変化
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